菌落計數器是一種數字顯示式自動細菌檢驗儀器。本儀器可減輕實驗人員的勞動強度，提高工效，提高工作質量，軟件系統通過圖像輸入設備對培養好的菌落進行數字化圖像采集，經USB口數據通信傳輸到計算機終端計數憑條，對輸入的數字圖像進行一系列圖像算法處理，輸出計數結果，根據情況進行人工校正，計數完成后可對相關文件進行保存，將輸出的數據存儲在計算機中，是專為微生物實驗室用戶量身定做。
01、CCD傳感器的等級
在選購全自動菌落計數儀時，很多用戶喜歡選擇高像素的，但是沒有考慮到檢驗和科研的實際應用需求，所以用戶在購買儀器前要確定好自己要買多少像素的CCD傳感器。
02、圖像采集通道
所謂的“圖像采集通道”，是指菌落計數儀獲取樣本信息的能力，即儀器是否在計數前開始計數初始信息的誠實可靠。如果圖像采集通道過于單一，后期計數時容易出現誤判，所以“圖像采集通道”指標應該是越多越好。指示劑相應時間越小，這樣菌落計數儀獲取樣本信息的能力越強。
03、菌落分辨率
一般入門級菌落計數儀的zui小分辨率多為0.1左右，中型則為0.05mm左右。如果實際上是比較入門和機型的圖形文件顯示能力，配合高分辨率計數器，在菌落小的時候效果則更為明顯。
04、管理功能
在選購時，一定要選擇具有數據和報表管理功能的設備。因為微生物的不可重復性和以往檢驗數據的管理和回溯極其重要，否則實際中繁雜的統計數據和報表管理工作會耗盡科研人員精力。
05、性能指標
現在有些菌落計數儀廠家在給用戶介紹時，會宣傳他們的產品有多少多少功能，多高多高的指標，實際上真正買回去，根本用不到那么多功能，更重要的還是要統計菌落的實際效果好，不能為了過多的功能而買一個效果不是很好的儀器。而統計效果的好壞關鍵在于算法是否合理。
06、方便性
全自動菌落計數儀的使用就是減少了人工菌落計數器的工作量，減輕了工作人員的工作強度，但是由于菌落形狀和樣品狀態的不確定性，市場上的菌落計數儀大多強調手動干預以提高準確性。所以用戶在購買時應注意操作是否簡單，是否符合工作人員的操作習慣和思路。一般來說，需要的人工干預越少，使用起來就越容易。
